SMK Negeri 49 Jakarta merupakan nama dan nomor lembaga pendidikan dari SMEA Negeri 31 Jakarta, pengembangan dari SMEA Negeri 10 Jakarta yang sekarang menjadi SMK Negeri 12 Jakarta.

Pada tahun pelajaran 1978-1979, dibawah kepemimpinan Bapak Samidin R, SMEA Negeri 10 Jakarta menerima siswa baru melebihi daya tampung sebanyak 4 (empat) kelas. Untuk mengatasinya menggunakan gedung SD Rawa Badak dibawah pengawasan Bapak A. Koko sebagai wakil kepala sekolah.

Dengan adanya peningkatan animo masyarakat untuk menyekolahkan anaknya di sekolah ini, tahun 1979-1980 proses pembelajaran dipindahkan ke gedung SMP 143 di Pedongkelan - Cilincing Jakarta Utara dengan daya tampung 7 (tujuh) kelas.

Pada tahun 1980 sampai dengan tahun 1992 memperoleh tempat dan gedung sendiri dengan daya tampung 10 kelas masih berstatus sebagai sekolah filial dari SMEA Negeri 10 Jakarta, dibawah kepemimpinan Bapak Anwar sampai dengan Tahun 1984, dilanjutkan Ibu Tangkudung sampai dengan Tahun 1985.

Tahun 1986 SMEA Negeri 31 Jakarta melepaskan diri dari status filial SMEA Negeri 10 Jakarta, dipimpin oleh Bapak Drs.H Darkosih dengan jumlah 10 (sepuluh) kelas. Tahun 1986-1989 dibawah pimpinan Bapak Soejono dan pada tahun 1989 sampai dengan tahun 1999 dipimpin oleh Bapak Drs.DJ.P.Tamba.

Tahun 1993 bulan Juli, sekolah ini memiliki gedung baru di Kelurahan Marunda Baru-Kecamatan Cilincing Jakarta Utara. Gedung ini berdiri di atas tanah seluas 12.005 m2 dan luas bangunan 4.043 m2 berlantai tiga.

Masih dibawah kepemimpinan Bapak Drs.Dj.P.Tamba, sampai dengan tahun 1999 dengan jumlah kelompok belajar sebanyak 20 (dua puluh) kelas. Tahun 1997, berdasarkan SK Mendikbud No. 036/0/1997, SMEA Negeri 31 Jakarta berubah menjadi SMK Negeri 49 Jakarta Kelompok Bisnis Dan Manajemen.

Tahun 1999 sampai dengan tahun 2001, sekolah dibawah kepemimpinan Bapak H. Slamet Rosyidi, dengan jumlah rombongan belajar berkurang hingga 19 kelas, disesuaikan dengan kapasitas ruang belajar yang ada hanya 18 ruang kelas.

Sejak Januari 2001 sampai dengan tahun 2006 SMK Negeri 49 Jakarta dibawah kepemimpinan Bapak Drs.Dudung Durakhim dengan komposisi kelompok belajar sebanyak 18 kelas, terdiri dari 2 rombongan belajar, setiap program keahlian menempatkan tingkatnya masing-masing (lantai 1-3). Program keahlian yang terselenggara yaitu Program Keahlian Sekretaris, Akuntansi dan Penjualan.

Kemudian pada tahun 2006 sampai dengan tahun 2007 SMK Negeri 49 Jakarta dibawah kepemimpinan Bapak Drs. Rivai Siri.MM, Program keahlian bertambah satu yaitu Program Keahlian Perbankan Syariah yang dilanjutkan dengan pengadaan Bank Mini 49 sehingga program keahlian secara keseluruhan ada empat yaitu Program Studi Keahlian Administrasi Perkantoran, Akuntansi,  Pemasaran dan  Perbankan Syariah.

Selanjutnya pada tahun 2007 sampai dengan 2011 SMK Negeri 49 Jakarta di bawah kepemimpinan Bapak Junaedi. SPd, MM. Dalam periode kepemimpinannya beliau sangat besar memperhatikan fisik dan Sarpras SMK Negeri 49 Jakarta sehingga di awal tahun 2010 SMK Negeri 49 sarat dengan berbagai perubahan. Dari pengadaan sampai dengan penyempurnaan sarana & prasarana pendidikan serta pembangunan fasilitas fisik dan non fisik, seperti:
1.Fasilitas: Renovasi Gedung Belajar, Renovasi Pagar Utama/Depan, Pos Keamanan, Salon, Front Office Receptionis, Renovasi Aula, Musholla, Pemasangan CONBLOC di lingkungan sekolah, Green School.
2.Sarprasdik: Pemasangan In Focus di kelas/ruang belajar, Multi Media, Penyempurnaan Laboratorium bahasa, Komputer, Laboratorium Perkantoran/Akuntansi/Pemasaran, Bisnis Centre.
3.Pembangunan Sarana Olah Raga: Lapangan Tenis, Lapangan Tenis Meja, Lapangan Badminton, Lapangan Basket, Lapangan Volly dan Lapangan Atletik.
4.Sarana Penunjang: Multi Media Intertainment, Counseling Room, Ruang OSIS, Ruang Sound System, Kantin, Gudang (Elektronik, Meubelair, alat-alat Olah Raga)
5.Sarana IT (Informatika & Teknologi): IT Room, Penyempurnaan Website SMK Negeri 49 Jakarta yaitu www.smkn49jkt.sch.id dan @Email: smkn49@yahoo.com, Perpustakaan Digital.

Tahun 2011 SMK Negeri 49 Jakarta dipimpin oleh Drs.Purwanto,MT, beliau mulai melakukan pembenahan-pembenahan yang dianggap perlu, seperti penggunaan Lab-Lab yang belum maksimal dan etos kerja guru dan karyawan lebih ditingkatkan. Yang lebih penting lagi adalah beliau juga mulai merintis pola belajar dan pengajaran yang efektif untuk siswa-siswi SMK Negeri 49 Jakarta dan mendorong personil SMK Negeri 49 Jakarta untuk meningkatkan pelayanan dan mutu pengajaran.

Tahun 2013, tepatnya bulan Mei Pak Purwanto diganti oleh Bapak Kastolani,MPd yang juga pernah menjadi guru di SMK Negeri 49 Jakarta beberapa tahun lalu.

Dalam kepemimpinannya beliau mewajibkan guru-guru mengajar di kelas menggunakan LCD dan aplikasi ‘Powerpoint’ dalam menyampaikan materi pembelajaran. Dengan diberlakukannya kurikulum 2013, maka guru-guru dituntut untuk lebih aktif dan kreatif dalam memberikan pengajaran, mengedapankan nilai-nilai moral dan agama.

Untuk itu maka dibuatlah ‘Kantin Jujur’, Kantin Ramah Lingkungan maupun Tadarus Jumat Pagi. Melakukan sholat Jumat di Masjid Sekolah yang telah direnovasi dan menyarankan siswa, guru dan karyawan membaca Al Quran satu hari satu juz.

Sarana dan prasarana tetap menjadi perhatian khusus dalam menunjang kegiatan belajar mengajar. Semua peralatan pembelajaran harus siap pakai dan jika timbul kerusakan harus segera direspon untuk diperbaiki. Membuat Lembar Ketidakpuasan Pelanggan sebagai indikator kerja guru dan karyawan dalam melayani siswa.

Pembukaan program keahlian baru, jurusan Multimedia menambah jumlah kelas menjadi 22 kelas, ternyata memiliki antusias yang luar biasa dari masyarakat dengan banyaknya pendaftar yang bersaing melalui PPDB online. Walaupun baru dibuka satu kelas namun memiliki siswa-siswi yang yang memiliki talenta yang bagus.

30 September 2015 Ibu Meyridalisna, S.Pd menggantikan Bapak Kastolani, Beliau sebelumnya menjabat kepala SMKN 37 Jakarta. Sebagai Kepala Sekolah pertama wanita yang pernah ada di SMK Negeri 49 Jakarta, membuat sekolah lebih indah dan tertata rapih.